MEB Din Öğretimi Genel Müdürlüğü’nün, Eğitim-İş’in başvurusu üzerine ÇEDES Projesi’ne ilişkin 23 Haziran’da paylaştığı bilgi notunda, “okullarda imamların görevlendirildiği iddialarının gerçeği yansıtmadığı, okul-manevi danışman eşleştirmesine yönelik protokol maddesi bulunmadığı, iddiaların değerler eğitimine yönelik karalama kampanyası olduğu” öne sürüldü.
Dönemin Genel Müdürü Nezir Gül de, 7 Temmuz’da Eğitim-İş’e gönderdiği yazıda, “Proje kapsamında okullarımıza Diyanet İşleri Başkanlığı tarafından herhangi bir personel görevlendirmesi, atanması ortak protokol gereğince mümkün değil” iddiasında bulundu.